所有工程价款均严格按照合同的规定支付。每月进度款支付将与完成的工程质量及执行监理、业主指令的到位率挂钩。工程价款的支付程序如下图所示。
（1）工程预付款的支付
支付时间和额度
按合同的约定，在合同签订后一定时间内，向施工单位或供货单位支付一定比例的工程预付款。
工程预付款的扣回
按工程进度支付进度款的同时，按比例抵扣预付款和甲供材料价款，并在工程完工审核确认付款时一并结清。
（2）工程进度款的支付
工程进度款的支付按“按月结算”及“量清价定”的办法进行。具体包括：
工程量确认：建设指挥部委托监理单位依据施工图设计的工程量〈净尺寸〉口径审查施工单位完工后的测量净值并以此确认工程量。
价格的确认：按投标报价清单中单价包干的原则，建设指挥部委托审价单位按照已确定的当月工程量计算工程进度款。
此外，房屋建筑因相对较复杂，在每月执行“量清价定”的同时，可增加按分部工程再进行一次复核，按分部工程进行“量清价定”。由此，施工单位应在分部工程完工后的56天内，向工程部上报已完分部工程结算清单进行阶段结算；一些规模小、工期短的房建工程如门卫、厕所等可事先由项目经理提出建议，经部门经理和计财部确认，报分管领导批准后，可采用竣工后一次性“量清价定”的方法。
（3）竣工结算及保修金的处理
竣工结算
竣工验收合格后，施工单位应在15天内向建设指挥部提交完整的结算报告，办理竣工结算。建设指挥部接到此结算报告后30天内组织监理、审价机构进行审核确认，并在15天后将应支付的工程款支付给施工单位。
质保金的处理
在工程竣工验收前，费用支付的总和不超过合同价的90%，在工程竣工验收通过后支付到审定决算价的95%，余留5%作为质保金。在工程保修期满后或按合同特殊规定的质保期满后，合同双方无异义的一次性支付。经建设指挥部同意，有质保金保函的，则用银行保函的形式替代余留5%的质保金的金额，用于质保金相关事项的处理。
